Då neuralplattan bildats genom hämning av BMP av proteinerna noggin, follistatin och chordin så leder exponering av denna för retinoinsyra att posterior neuralvävnad bildas. Detta är sålunda en faktor för en tidig rostrokaudal formering.
Neuralröret uppvisar en rad periodiska svullnader. På rhombocephalon uppträder specifikt s k rhombomerer vilka har en fundamental neural organisatorisk betydelse. En klass av gener kallade Hox styr rhombomer identitet. Denna gen är uppdelad på fyra olika kromosomala komplex i olika kromosomer. Gener belägna i 5'-ändan på vardera av komplexen är posteriort relaterade och de i 3'-ändan anteriort. Inom rhombocephalon överenstämmer den främre gränsen för genutryck väl med rhombomera avgränsningar. Genetiska studier har visat att Hox styr rhombomer identitet. Genuttrycket av Hox är i sig beroende av transkriptionsfaktorer samt av retinoic acid vilket kan få Hox att uttryckas i mer anteriora rhombomerer än vad som är normalt.
Mellanhjärnans formering styrs av långtverkande signaler från en näs(eng. isthmus)-region, ett sekundärt organiserande centra beläget i föreningen mellan mesencephalon och metencephalon. Wnt-1 och FGF8 sekreteras från näs-regionen och styr differentieringen av mesencephalon. Dessutom styrs också mellanhjärnans rostro-kaudala formering av lokalt induktiva signaler som reglerar uttryck av homeodomänproteiner.
Framhjärnan kan delas efter skiftande genuttryck i prosomerer. Prosomer 1-3 utvecklas till kaudala delen av diencephalon och 4-6 till rostrala delen av diencephalon samt telencephalon. Precis som för rhombomerer i rhombencephalon så överensstämmer prosomergränserna med gränserna för uttryck av olika induktiva signaler och transkriptionsfaktorer. Det råder dock inte fullständig utvecklingsmässig integritet då inte alla delar av framhjärnan utvecklas självständigt då en viss migration av neuroner råder mellan vissa områden.